Ketika para gadis muda telah menemukan kebenaran tentang nasib kejam dari gadis penyihir, satu demi satu gadis penyihir dihancurkan. Sepanjang itu semua, ada satu gadis penyihir yang terus bertarung sendirian – Homura Akemi. Puella Magi Madoka Magica the Movie Part II: Eternal adalah menceritakan kembali paruh kedua dari serial anime TV.
